这两个学科差别很大。

工业自动化：属于电类学科，和电气工程及其自动化、信息工程很相近，专业课程大体一致，侧重点不同而已，在国外统称为 electronic engeering (Double E)专业。

机械设计及其自动化：属于机械类专业，就是车床、零件加工、制图什么的。

上交的机械可能强点，不过同是主要工科专业，难度差不多，就业也差不多，谈不上学哪个好，看你的兴趣了。我是电类的，如果你对编程、思维逻辑感兴趣话，可以考虑下工业自动化。

ps:工业自动化的博士毕业下海的大多从事了IT行业~