滨州医学院烟台校区与滨州医学院整体的主要区别在于地理位置、办学历史及专业设置。

地理位置上，滨州医学院烟台校区位于山东省烟台市，而滨州医学院的本部则位于山东省滨州市。这两个城市在地理和文化上存在一定的差异，因此两个校区所处的环境氛围也各有特色。烟台作为沿海城市，经济较为发达，校园文化可能更加开放多元；而滨州则有着深厚的内陆文化底蕴，校园文化可能更加内敛稳重。

办学历史方面，滨州医学院滨州校区作为学校的本部，拥有较为悠久的办学历史，可以追溯到1946年。学校的基础建设和教育资源相对集中于此，有着深厚的学术积淀和丰富的校园文化。而烟台校区则是近年来为了适应区域发展需求和扩大教育资源配置而设立的，虽然历史相对较短，但也在迅速发展和完善中，逐渐形成了自己的办学特色。

专业设置上，滨州医学院滨州校区的专业设置更为全面，涵盖了医学、理学、工学、管理学等多个学科领域，为学生提供了更为广泛的学习选择。而烟台校区则更注重医学领域的发展，特别是在一些新兴医学领域如生物医学、健康管理等方向上有所侧重，体现了学校对医学教育创新的追求和适应时代发展的战略眼光。这种差异使得两个校区在人才培养上各有侧重，满足了不同学生的专业需求和职业发展规划。

综上所述，滨州医学院烟台校区与滨州医学院整体在地理位置、办学历史及专业设置等方面存在明显差异。这些差异不仅体现了学校在不同区域的发展布局和战略考量，也为学生提供了多样化的学习环境和职业发展路径。