黄冈师范学院的王牌专业包括教育技术学、汉语言文学、生物科学、美术学、思想政治教育、会计学、广播电视编导、数学与应用数学等。国家级一流本科专业建设点中，汉语言文学、数学与应用数学、生物科学、电子信息工程等专业位列其中。省级一流本科专业建设点包含国际经济与贸易、体育教育、物理学、地理科学、土木工程、音乐学等。2019年度省级一流本科专业建设点则有教育技术学、汉语言文学、生物科学、美术学、思想政治教育、会计学、广播电视编导、数学与应用数学、电子信息工程、政治学与行政学、软件工程、机械设计制造及其自动化、英语等。国家级特色专业为汉语言文学、生物科学、教育技术学。此外，还有省级品牌专业如汉语言文学、生物科学、教育技术学、数学与应用数学等。省级新兴（支柱）产业人才培养计划项目涉及生物工程、制药工程、软件工程、动画、化学工程与工艺、食品科学与工程等。

黄冈师范学院开设的专业涵盖了地理与旅游学院、化学化工学院、机电与汽车工程学院、计算机学院、建筑工程学院、教育学院、李时珍学院、马克思主义学院、美术学院、商学院、生物与农业资源学院、数学与统计学院、体育学院、外国语学院、文学院、物理与电信学院、新闻与传播学院、音乐与戏剧学院、黄梅戏学院、政法学院等学院。这些学院的专业设置涵盖了理学、工学、管理学、教育学、艺术学、经济学、文学等多个学科门类。

各学院的专业设置包括地理科学（师范）、旅游管理、土地资源管理、酒店管理、航空服务艺术与管理、化学（师范）、制药工程、应用化学、化学工程与工艺、工业工程、机械设计制造及其自动化、电气工程及其自动化、汽车服务工程、车辆工程、机器人工程、飞行器制造工程、计算机科学与技术（师范）、软件工程、信息管理与信息系统、物联网工程、网络工程、人工智能、土木工程、工程造价、教育技术学（师范）、数字媒体技术、学前教育（师范）、小学教育（师范）、中药学、思想政治教育（师范）、美术学（师范）、视觉传达设计、环境设计、动画、国际经济与贸易、工商管理、市场营销、会计学、经济与金融、电子商务、物流管理、生物科学（师范）、食品科学与工程、生物工程、植物科学与技术、数学与应用数学（师范）、信息与计算科学、数据科学与大数据技术、体育教育（师范）、社会体育指导与管理、英语（师范）、日语、翻译、商务英语、汉语言文学（师范）、汉语国际教育、秘书学、电子信息科学与技术、电子信息工程、光电信息科学与工程、物理学（师范）、广播电视学、广播电视编导、播音与主持艺术、音乐学（师范）、音乐表演、表演、舞蹈表演、政治学与行政学、法学、社会工作、历史学（师范）等。