嘉善县教育局的机构设置包括多个职能部门，以确保教育工作的有效开展。

首先是党委办和局办（法制科），负责党的宣传、教育思想、精神文明建设，以及党团员教师的活动组织，如干部考核、考察和任免。他们还管理基层党组织，处理党员发展、党费管理和知识分子政策，以及指导群众组织的工作。

人事科专注于人事管理，包括人事调配、教师招聘、职称评审和教职工考核。他们负责教师资格认定、继续教育、工资福利和退休教职工管理，以及人事档案的维护。

基教科关注基础教育，积极参与党员志愿服务，管理中小学、幼儿园的教育工作，涵盖招生、学籍、德育、体育、卫生等多方面，还负责少先队和青少年科普活动等。

计财科（学生资助管理中心）负责教育发展规划和投资计划，教育经费的预决算，以及财务管理、会计培训、教育收费等工作，同时管理学校资产和学生资助项目。

基建科主要负责学校布局调整，中小学校建设和维修，以及实施特定的教育工程项目。

职成教科则负责中等职业技术学校的管理、成人教育管理和社会力量办学审批，确保教育质量的同时，支持各类职工和农民教育。

督导室作为监督机构，对各镇和学校的教育工作进行评估和指导，制定学校督导评估标准，以促进教育质量的持续提升。