衢州市总工会机构设置包括多个部门，各司其职，确保工会工作的高效运行。

办公室作为核心部门，负责协调各部门工作，涵盖综合信息调研、机关文秘、会务接待、文书档案管理，以及机关设施的购置、管理和维修，确保机关安全与文明单位建设。

组织宣教部负责工会组织建设，协助管理基层工会干部，组织培训，推动企业民主管理和先进经验的推广，涉及劳动工资人事管理、思想文化教育和群众性活动等。

经济工作部参与劳动保护监督，组织竞赛，负责五一劳动奖章等荣誉的评选，指导劳动竞赛和技术活动，负责市劳动竞赛委员会的日常工作。

保障与女工部在社会保障、职工生活保障、女职工权益维护等方面发挥重要作用，同时管理困难职工帮扶中心。

财务部负责会计核算和预算决算，监督企事业单位财务，依法管理工会经费，培训财务干部并制定相关制度。

针对教育系统，市教育工会负责决议落实和活动组织，指导学校民主管理工作和教职工权益维护。

市财贸工会负责财贸系统工会的规划和活动，参与改革决策，组织职工开展劳动竞赛，促进文明经商与优质服务。

职工法律维权中心主要职责是处理职工纠纷，提供法律咨询，参与劳动关系协调工作。

职工技术协作办公室则聚焦于职工经济技术创新，组织合理化建议和技术协作活动，推广职工科技成果。

市总新闻中心负责工会的宣传报道，弘扬劳模精神，提升党的依靠职工办企业的方针影响力，以及《衢州工运》杂志和《浙江工人日报》的通联工作。

文化宫（职工业余学校）则承担培训、文化体育活动、艺术理论研究和职工队伍建设，丰富职工业余文化生活。