1、检察院对涉嫌犯罪案件拥有侦查权和检察权，自然有权对案件相关的账目进行查账；纪委部门（监察部门）对涉及违规违纪问题相关账目有权进行查账。纪委监察部门还可以对有关单位的经济活动、财务收支等进行监督检查；

2、审计局的财务审计是职责之内的例行查账，当然，审计中如发现涉及犯罪的，要按规定向检察院移交。发现有违纪违规问题的要向纪委监察部门移交；检察院和纪委查账一般是要证明是否有犯罪或者违纪违规问题发生；

3、检察院和纪委与审计局当然是各自独立负责分内之事。

但是，有时也可以是互相配合工作。如在查账的关系上就是这样。