在使用财务软件进行账目管理时，首先需要录入的基础数据包含以下内容：

1. 上一年度各科目的期末余额，也就是今年年初的科目初始余额。

2. 往来单位的名称和相应的往来余额。

如果涉及个人核算，还需记录个人名称及其对应的往来余额。

3. 项目核算中各项目的初始余额。

4. 报表设置方面，需预先定义三大报表的格式，并设置好取数公式，确保数据准确无误。

完成以上基础数据录入及报表设置后，下一步是进行初始化工作，随后便可以开始录入会计凭证。

在凭证审核和记账完成后，财务报表将会自动生成，完成整个会计账目处理流程。