检查应付账款的完整性是审计过程中的重要步骤，通过以下实质性程序可以有效查找未入账的应付账款：

首先，审计人员需检查债务形成的相关原始凭证，如供应商发票、验收报告或入库单等，确保没有遗漏的应付账款。这一步骤旨在确认应付账款期末余额的完整性。

其次，审计人员需查看资产负债表日后应付账款明细账贷方发生额的凭证，关注购货发票的日期，以确保入账时间合理，防止账期不当带来的遗漏。

获取被审计单位与供应商的对账单，将对账单与财务记录进行比较，关注差异，包括在途款项、在途商品、付款折扣、未记录的负债等，确保没有未入账的应付账款，同时也能确定应付账款金额的准确性。

针对资产负债表日后付款项目，审计人员应检查银行对账单及付款凭证，如银行汇款通知、供应商收据等，通过询问被审计单位内部或外部知情人员，进一步查找未及时入账的应付账款。

结合存货监盘程序，检查资产负债日前后的存货入库资料，如验收报告或入库单，关注是否存在大额货到单未到的情况，以确认相关负债是否计入了正确的会计期间，确保应付账款的完整性与准确性。