南方科技大学的专业涵盖了多个学科领域，包括数学、物理、化学、生物、电子与电气工程、材料科学与工程、金融、环境科学与工程、海洋科学、力学与航空航天工程、机械与能源工程、计算机科学与工程、生物医学工程和地球与空间科学。

在数学系，学生可以选择学习金融数学、数学与应用数学或统计学。物理系提供物理学和应用物理学两个专业。化学系专注于化学专业。生物系则设置了生物科学、生物技术和生物信息学三个专业方向。电子与电气工程系开设了通信工程、微电子科学与工程、光电信息科学与工程和信息工程四个专业。材料科学与工程系仅有一个材料科学与工程专业。

金融系的专业包括金融学和金融工程。环境科学与工程学院下设环境科学与工程和水文与水资源工程两个专业。海洋科学与工程系开设了海洋科学专业。力学与航空航天工程系提供理论与应用力学和航空航天工程两个专业。机械与能源工程系专注于机械工程。计算机科学与工程系的主修专业是计算机科学与技术。生物医学工程系则涵盖了生物医学工程和生物医学科学两个方向。地球与空间科学系提供了地球物理学专业。

南方科技大学的专业设置旨在培养具有扎实基础理论和实践能力的学生，为他们未来的发展打下坚实的基础。