计算基数不包括预付款支付或扣回的金额的意思是将实际完成的工程价款，包括对价格调整的部分和索赔的部分也就是说在原价款的基础上，进行相应价格调整之后，然后加上索赔价款，在此基础上扣留质量保证金。根据正保建设工程教育网信息查询，关于质量保证金的扣留，在支付工程进度款时逐次扣留，在此情形下，质量保证金的计算基数不包括预付款的支付、扣回以及价格调整的金额。例如，10月份承包人完成的工程款为100万元，发包人应扣回的预付款是10万元，价格调整金额是5万元，质量保证金按5%扣留。质量保证金=100万元×5%=5万元。