比较深圳大学与华南师范大学的数学系选择，需从多个维度考虑。首先从学科建设层次来看，华南师范大学在数学领域优势明显，成功入选广东国家应用数学中心首批建设高校，并拥有数学一级学科博士点和数学博士后科研流动站，这表明其在学术研究与人才培养上有着深厚的底蕴和较高的水平。

在高考投档分上，两校之间存在较大差异。以广东省为例，从2008年到2020年，华南师范大学的投档分始终高于深圳大学，差距在59分至119分之间，特别是在本科提前批次录取中，华南师范大学的分值远高于深圳大学，充分体现了其在录取标准上的优势。

其次，从免试保研的角度看，华南师范大学的毕业生在保研方面表现更为突出。据统计，华南师范大学在各大知名高校的推免研究生资格获得人数远超深圳大学，这不仅反映了其教学质量的高水准，也意味着其毕业生在后续深造机会上具有更大优势。

在学科实力上，华南师范大学在理学门类中表现优异，4个A类学科中包含心理学的A+学科，整体上理学一级学科均为B类以上。而深圳大学暂无A类学科，最好的学科仅为B+级，其理学门类学科评估数据的缺失也反映出学科建设上的不足。

最后，华南师范大学数学科学学院的学科建设与师资力量也值得重视。学院成立于1952年，经过多年发展，已形成了一支高水平的师资队伍，拥有教授、硕士生导师和博士生导师，学科点覆盖广泛，学术研究与人才培养能力突出。

综上所述，华南师范大学在数学系的建设、学术水平、录取标准、保研机会以及学科实力等方面均具有明显优势，对于追求数学学术研究与深造的学子而言，选择华南师范大学的数学系将是一个更为明智的选择。