清华大学深圳研究生院与清华-伯克利大学在结构上有显著差异。清华大学深圳研究生院是清华大学与深圳市联合创办的，主要聚焦于高级人才培养与科技创新。而清华-伯克利深圳学院是由深圳市人民政府、清华大学与加州伯克利大学共同成立，旨在培养全球科技领袖与未来企业家。

在师资力量方面，清华-伯克利深圳学院的师资构成独特，三分之一来自清华大学，三分之一来自加州伯克利大学，剩余三分之一将从全球范围选拔顶级师资。相比之下，清华大学研究生学院的师资团队主要由清华大学的教师构成。

此外，两所学院的创建时间也有所不同。清华大学研究生学院成立于2000年10月14日，是深圳市与清华大学合作的成果。而清华-伯克利深圳学院则是在2014年正式启动，面向全球招生。

总体来看，清华-伯克利深圳学院与清华大学研究生学院各有特色与优势，选择哪一所主要取决于个人的需求与目标。清华-伯克利深圳学院可能更适合寻求与国际顶尖大学合作，以及全球化教育背景的学生。而清华大学研究生学院则可能更适合对清华大学教育资源与学术传统有深入认识与需求的学生。