体育中学的普通证和普通高中的普高证的主要区别在于学校的办学类型和学生所学课程不同。

体育中学是以体育技能和专业训练为主的学校，其办学理念、教学方式和目标与普通高中有所不同。体育中学的学生在学习体育技能的同时，也要学习一定的文化、科技、语言、信息等方面的基础知识。因此，体育中学的普通证学生除了体育方面的课程，也会学习普通高中的一些课程（如语文、数学、英语、物理等）。但是，相对于普通高中的学生，体育中学的普通证学生在文化课程上会有所减轻，更加注重体育课程的学习。

普通高中的普高证学生则是按照国家制定的普通高中课程标准进行学习，重点学习语文、数学、外语、物理、化学、生物、历史、地理等一系列文化课程，最终参加普通高中学业水平考试（即高考）并取得普通高中毕业证书。

另外，体育中学的普通证和普通高中的普高证在学历上也有所不同。体育中学的普通证只具有高中阶段（三年制）的学历，而普通高中的普高证则具有十二年制（即九年义务教育+高中三年制）的学历。