需要知道具体是什么原因减免增值税，才知道计入哪个科目核算的。比如小规模纳税人月度收入低于10万，季度低于30万免征的增值税计入营业外收入科目核算。再比如购买防伪税控专用设备及维护费减免增值税，借方计入应交税费—应交增值税(减免税额)核算，贷方计入管理费用核算。如果是小规模纳税人减免的增值税，账务处理是，借：应交税费—应交增值税，贷：营业外收入—增值税减免。如果是购进税控专用设备及维护费减免的增值税，账务处理是，借：应交税费—应交增值税（减免税额），贷：管理费用。

一、增值税期末留抵税额退税条件：

1、符合条件的集成电路重大项目增值税留抵税额退税。

2、对外购用于生产乙烯、芳烃类化工产品的石脑油、燃料油价格中消费税部分对应的增值税额退税。

3、符合条件的大型客机和新支线飞机增值税留抵税额退税。

二、纳税人注意事项：

1、纳税人对报送材料的真实性和合法性承担责任。

2、文书表单可在上海市税务局网站“下载中心”栏目查询下载或到办税服务厅领取。

3、纳税人使用符合电子签名法规定条件的电子签名，与手写签名或者盖章具有同等法律效力。

4、纳税人提供的各项资料为复印件的，均需注明“与原件一致”并签章。

法律依据：

《中华人民共和国税收征收管理法》

第一条 为了加强税收征收管理，规范税收征收和缴纳行为，保障国家税收收入，保护纳税人的合法权益，促进经济和社会发展，制定本法。

第二条 凡依法由税务机关征收的各种税收的征收管理，均适用本法。

第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行;法律授权国务院规定的，依照国务院制定的行政法规的规定执行。

任何机关、单位和个人不得违反法律、行政法规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行政法规相抵触的决定。　

第四条 法律、行政法规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。

法律、行政法规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。