场景不同、用途不同。1、场景不同。支付申请单是支付款项的申请和审批，而审批单是审批流程，申请单的下一级别。2、用途不同。申请单用于采购付款，票到挂账，付款冲账。而审批单用于直接费用的报销，差旅费、招待费，办公用品费等。