四川农业大学食品学院在专业设置上，主要涵盖了食品科学与工程和食品质量与安全两个本科专业。这两个专业的发展历程丰富，从1988年开始，学院就率先开设了农产品贮藏与加工的专科课程。随着时间的推移，这一课程逐渐扩展为食品科学与工程的本科专业，并在1994年正式成立。

进入21世纪，学院的专业建设取得了显著成就。2000年，食品学院获得了农产品加工及贮藏工程二级学科硕士学位的授予权，为学生提供了更深入的学习机会。紧接着，在2003年，学院又新增了食品质量与安全本科专业，进一步丰富了专业体系。

学院在短短十几年内取得了长足进步。2006年，学院获得了农业推广硕士食品加工与安全专业学位的授予权，进一步提升了学生的实践能力。2010年，学院又获得食品科学与工程一级学科硕士学位授予权和食品工程专业学位工程硕士授予权，标志着学院在学术研究和人才培养方面达到了新的高度。

到了2011年，学院增设了园艺产品采后科学和畜产品质量与安全两个二级学科博士点，这不仅提升了学院的教学和科研水平，也为学生提供了更广阔的发展空间。这些专业的设置和发展，不仅反映了四川农业大学食品学院在教育和科研领域的不断进步，也体现了学院对食品科学与技术领域发展的关注和贡献。