分公司财务独立核算是指工程项目收入和成本在分公司内部进行核算，分公司建立自有会计账本，而不独立核算则是分公司以总公司名义进行成本和收入核算。这种核算方式下，分公司需与总公司保持一致的核算制度。

以甲路桥工程有限公司的案例为例，甲公司与客户签订了总额为5000万元的公路施工承包合同，由其分公司乙公司承建。甲公司收到300万元预收工程款后，会计处理包括银行存款的借记、预收账款的贷记，以及营业税的计算与缴纳等。至2012年末，实际发生成本2700万元，全部由甲公司支付给乙公司，与建设方结算工程价款1800万元。使用完工百分比法进行会计核算，该公司按照工程进度确认收入和成本。

在总公司甲的会计核算中，收到预收工程款时进行账务处理，缴纳营业税后登记发生成本，年底确认收入并计算毛利。同时，登记已结算工程款，完成工程时与甲方结算，收到款项时记录。分公司乙收到总公司拨付的工程款后，登记发生成本。分公司若需反映收入，需与甲方协商，直接收取款项并开具发票。但最终，总公司需编制汇总财务报表，进行企业所得税预缴分配。