重庆在巴南区的大学有重庆交通大学和重庆工程职业学院两所。

一、重庆交通大学。该大学是重庆市人民政府和交通运输部共建的一所重点高校，是交通运输领域的人才培养基地之一。其地理位置位于重庆市巴南区交通主干道附近，为学术交流和对外交流提供了便利的交通条件。学校师资力量雄厚，学科专业特色鲜明，以工科为主，同时积极发展其他学科领域。多年来为国家和地方培养了大批优秀人才。

二、重庆工程职业学院。这是一所公办全日制普通高等职业学院，也位于重庆市巴南区。学院拥有一支高水平的专业师资队伍，以及现代化的教学设施和实践基地。该校致力于培养应用型、技术型人才，开设的专业紧贴市场需求，毕业生就业率一直保持在较高水平。学院注重校企合作，与多家知名企业建立了紧密的合作关系，为学生提供了良好的实践和学习机会。

以上两所大学均位于重庆市巴南区，为广大学子提供了优质的教育资源和良好的学习环境。它们不仅在学术领域有所建树，也在社会服务、文化传承等方面做出了积极贡献。重庆交通大学以其工科优势和交通运输领域的特色闻名，而重庆工程职业学院则以其职业教育和技术培训为亮点，两所大学各具特色，共同为重庆市乃至全国的发展贡献力量。