科研不端行为和科研不当行为最根本的区别是：两者以是否违反科学共同体规约为区别。

一、科研不端行为：

国际科技界将严重违反基本的科学诚信的行为称为科研不端行为（misconduct in science，或称scientific misconduct），这种行为与科研违规行为、科研越轨行为的内涵十分接近。

从国内外情况看，科研不端行为主要有以下三方面特征：第一，违反科学界通用的道德标准，或严重背离相关研究领域的行为规范；第二，不端行为是蓄意的、明知故犯的或是肆无忌惮的；第三，不端行为不包括诚实的错误或者观点的分歧。

二、科研不当行为：

科研不当行为（questionable research practice，QRP）是指，虽然违反科学的目的、精神和科学研究事业的基本道德原则，但没有直接触犯明确规定的研究活动的道德底线的行为。科研不端/不当行为有时也成为学术不端/不当行为。

1、科研不当行为的特征主要为：第一，科研不当行为以明确不违反科学共同体规约为前提，更不是一种违法行为。科研不当行为是在遵守合法性原则的前提下，在合理性方面存在的问题，它是在合规范围内的不当，对于合规范围外的科学不当行为已属于科研不端行为。

科研不端行为首先就是对科学共同体规约的破坏，而科研不当是科学研究者在其自由裁量范围内所为的行为，因此它本身并不违规。

第二，科研不当行为虽然不是科学共同体规约所明确禁止，但它是不合理的，具有不合理、不公正、不合乎科学道德的特征。

一个科研行为之所以是科研不当行为，根本的原因就在于它违反了科学的目的、原则和精神，所作出的科研行为不公正、不适当、不合科学道德。从数量上来看，科研不当行为远较直接的科研不端行为要常见。

2、科研不端行为的表现形式：从表现形式看，世界主要国家的学术界都比较倾向于严格界定三类科研不端行为，即杜撰、篡改、剽窃（FFP）。在我国科技界，有学者称这三类行为为科学研究中的“三大主罪”。