依照劳动合同进行赔偿。合并，指两家以上的公司依契约或法令归并为一个公司的行为。根据查询相关规定可知，两家医院合并后成立新医院辞退员工，单位应依照劳动合同进行赔偿，根据工作年限支付违法解除劳动合同赔偿金。辞退是用人单位解雇职工的一种行为，是指用人单位由于某种原因与职工的一种强制措施。