浙江舟山市拥有三所大学，分别是浙江海洋大学、浙江海洋大学东海科学技术学院以及浙江大学舟山校区。

浙江海洋大学，创建于1958年，前身是舟山水产学院，后更名为浙江水产学院，成为全国首批获得学士学位授予高校之一。学校涵盖了多个学科门类，如海洋科学、教育学等，是国家海洋局与浙江省人民政府共建的教学研究型大学。

浙江海洋大学东海科学技术学院位于浙江省舟山市，成立于2000年。作为一所按民办机制运作的全日制普通本科院校，它是由浙江海洋大学创建的。学院是浙江省首批“加强应用型建设试点本科院校”，致力于培养具有创新能力和实践能力的应用型人才。

浙江大学舟山校区则是一个特别的存在，它是在2012年6月10日由浙江大学和舟山市政府共建的。校区位于舟山市临城惠民桥新区，总建筑面积达到24万平方米。该项目于2012年开始动工，至2015年完成建设，为浙江大学在舟山市提供了教学和科研的平台。