一、性质不同

1、中外合作办学：中外合作办学是外国教育机构同中国教育机构在中国境内合作举办的以中国公民为主要招生对象的教育机构。

2、国际本科学术互认课程：国际本科学术互认课程是国家留学基金管理委员会东方国际教育交流中心针对国内本科院校提供的系列教育国际化支持方案的启动项目。

二、负责方不同

1、中外合作办学：中外合作办学的负责方为国外知名高校和对接的国内知名高校。

2、国际本科学术互认课程：国际本科学术互认课程的负责方是教育部国家留学基金管理委员会联合国外知名高校和国际教育专家。

三、学籍管理服务不同

1、中外合作办学：中外合作办学由所在国内高校为学生国内外学习阶段提供统一的学籍管理服务。

2、国际本科学术互认课程：国际本科学术互认课程由国家留学基金委为学生国内外学习阶段提供统一的学籍管理服务。