上海财经大学的经济学、国际金融、会计学是财经大学的王牌专业，均属国家一级学科。

经济学专业设有经济学、数量经济学、世界经济、劳动经济学4个专业方向，其中经济思想史是国家级重点学科。国际经济学课程逐渐与国际接轨，与多所国际知名大学联合办学，包括与英国南安普顿大学、美国、澳大利亚等国的知名大学以及香港城市大学等开展联合办学项目。澳大利亚顶级学院新南威尔士大学主动提议推荐全额奖学金攻读博士学位的学生，并与香港科技大学、香港城市大学、香港岭南大学等大学建立本科学生交换项目。

国际金融专业研究对象包括货币、证券、股票、期货等投资产品，是国家级重点学科。上海财经大学的金融专业是中国高校金融界的领头羊。金融学科在1921年上海国立商学院的银行系中得到了发展，拥有大批国内外著名的专家学者。如今，学院已形成合理的研究与教学团队。

会计专业实力雄厚，全国排名第一，本科设有会计学、国际会计学和注册会计三个方向。在国际会计学习后，学生会被分为美国会计、ACCA和GCA等不同的专业。学院与美国佩斯大学的鲁滨商学院和澳大利亚迪肯大学成功联合开展了首次经国家批准的中外合作培养会计学硕士的项目，并在全国招收会计专业硕士(MPAcc)。上海强大的经济区位优势推动了上海财经大学成为新一代会计名家的培养基地。