东京大学王牌专业有：医学、健康综合科学、药剂学、医药科学、信息科学、数学、基础科学、应用生命科学、应用化学、环境资源科学、生物信息学、地球与行星环境研究、生物学、地球与行星物理、计数工程、生物化学、化学、天文学、物理学、法学、综合社会学、社会基础学、经济学、金融学、综合教育学等。

以东京大学为代表的帝国大学其实并没有所谓弱的专业。从法学到工学，从文科到理科，所有帝国大学的所有学科几乎都具备了国际级别的领先水平。所以一般日本人在说帝国大学的王牌专业的时候，一般都会提到早期建校时期就存在的历史悠久的专业。