日本高中的课程体系相当复杂，分为学科和科目两个层面。一个学科通常会涵盖多个科目，比如国语学科就包括国语Ⅰ、国语Ⅱ、国语表达、现代文、现代语、古典Ⅰ、古典Ⅱ、古典讲读等。随着时间的推移，学科和科目的数量也在不断增长。从1948年到1994年，普通高中的学科和科目数从20个增加到了60个。

科目根据性质可以分为必修、选择必修和选修三种。必修科目是每个学生都必须学习的，选择必修则允许学生从一组科目中选择一至两门学习，而选修科目则完全由学生自由选择。日本高中的课程设置大致分为两种模式：选科型和分科型。选科型高中中，共同必修科目占60学分以上，选择必修和选修科目合计占30学分左右。有些学校以选择必修为主，有些则侧重自由选择，分别约占20学分。

分科型高中则在二年级或三年级开始分科。从二年级开始分科的学校，二年级时通常只分文科班和理科班，到三年级则进一步细分为不同的班级，如上私立大学、上国立公共大学、上短期大学等。分科型高中的课程设置以必修和选择必修为主，即便有开设自由选修科目的，学分也较少。

普通高中的课程主要由各种学科和课外教育活动构成，其中道德教育贯穿整个学校教育活动。所有高中生都必须学习的共同必修科目包括国语Ⅰ、现代社会、数学Ⅱ、理科Ⅰ、保健、体育、音乐Ⅰ、美术Ⅰ、书法Ⅰ、工艺Ⅰ和家政概论等。选修科目则包括国语、外语、社会、艺术、家政、数学、体育、农业、工业、商业、水产和护理等。

普通高中与职业高中和综合高中职业科在课程上的主要区别体现在选修科目上。普通高中或普通科的学生主要选择普通科目进行学习。