日本签证的申请流程中，一般需要6个工作日对材料进行审查，但审查时间可能会有所延长。在此过程中，申请人需要支付使领馆的手续费，费用为每人200元。旅行社的服务费则不包含在内。签证类型对费用有不同规定：

单次入境签证: 每人需支付200元的使馆手续费，加上旅行社的额外费用。

多次入境签证: 每人费用为400元，同样包括使馆手续费和旅行社服务费。

过境签证: 过境签的费用较低，每人45元，同样包含使馆手续费，但旅行社会额外收取服务费。

值得注意的是，中国公民办理日本签证不能直接前往大使馆，必须通过授权的旅行社办理。这些旅行社负责代为取签证，并会在服务中收取一部分手续费。因此，办理签证的过程涉及到个人和旅行社的双重费用。