清朝统治者还认识到进入边疆的移民是重要的人力资源，应把垦荒与安置流民结合起来。顺治十八年（1661年），云贵总督赵廷臣奏：“滇黔田土荒芜，当亟开垦。将有主荒田令本主开垦，无主荒田招民垦种。俱三年起科，该州县给以印票，永为己业。”户部议复从之。云贵总督高其倬在奏疏中也说：移民至少数民族地区垦荒，“可以充实地方，可以移易倮习”。因此，朝廷对迁至云南的农民，实行减税和贷给种子、耕牛的优惠政策，极大地推动了移民活动和垦荒耕种。在一些地区，官府还招募移民到山区或僻地垦荒，如雍正二年（1724年），云贵总督高其倬招民开垦怒江上游沿江数百里旷土，为滇西北怒江上游地区大规模垦殖之始。对移民开垦的土地，朝廷允许定为永业，垦田以后数年的收成，先冲抵先前所借的路费、耕牛和种子，还清以后朝廷再征田赋，如雍正十年高其倬招募移民至乌蒙府（今云南昭通）垦田，就是这样做的。[⑩]

在这样的情况下，大批流民进入云南各地开垦。据《清朝文献通考》：康熙三年（1664年）云南省即垦田2459顷，后又续垦1200余顷。至乾隆三十一年（1766年），云南水陆可耕之地“均已垦辟无余”。在平地普遍被开垦后，山麓地角也成为垦种的对象。乾隆七年，户部议准云南总督张允随的建议，允许新开垦的“山头地角”与“水浜河尾”，在开垦6年至10年后再按旱地或水田的标准征收赋税。以后由于腹地可垦土地已不多，山区和边疆乃成为移民垦荒的重点，有关记载如：雍正六年（1728年），云贵总督鄂尔泰奏：“云南镇沅府开垦夷田四百三十顷有奇。” [11]大姚一带600余里“深山大壑之中”的铁索菁，经移民不断开垦，至道光时已是“无不开辟之地，即无不居人之境，而村屯了望，若指掌矣”。广南位置偏僻岗峦崎岖，道光《广南府志》说：道光以前租与川楚黔粤贫民垦种的广南，道光时已是“民物繁滋”，“楚黔粤之民，携挈妻孥，风歺露宿而来，既视瘴乡如乐土。”道光间开化、广南、普洱尚有旷地，流民遂多至其地搭棚垦种，以后官府加强管理将之编入户甲。随后贵州农民又大量移入，“分向干瘠之山，辟草莱以立村落，斩荆棘以垦新地，自成系统，不相错杂。” [12] 又如普洱地区。自李定国率反清军队入居普洱，当地始有成群的汉族人口。迄雍正年间普洱一带改土归流，乃有较多的汉族移民迁入其地，“客籍之商民于各属地，或开垦田土，或通商贸易而流寓焉；”至道光时已是“风俗人情，居然中土”。[13]

除移民垦殖外，清朝在云南一些地方还举办屯田。但总的来看，清朝在云南屯田的规模和范围要小得多，而且一些地方的屯田后来还因废弛被改为私田。云南各地原属明卫所管理的屯田，清初大部分已被地主豪强隐占，参加屯田的丁壮大量逃亡。如永昌卫所的屯田明代有1143余顷，至康熙中期可耕种的屯田仅剩下364顷，其余土地均被隐占或已抛荒。[14] 清廷原想用减少屯田租额的办法维持屯田。康熙二十八年（1689年）云南巡抚范承勋奏准朝廷，又将二十一年至二十七年军屯所欠银20万两“尽行豁免”。但减税的效果并不明显，正如后来云南巡抚石文晟在上疏中所说：“减赋于今日，安知不增赋于将来”。有鉴于此，清廷于康熙二十九年接受云南总督范承勋与巡抚王继文的建议，允许将荒芜的军屯田地“照民粮上中起科，听民开垦”；以后又准许各地屯田仿照河阳县（今云南澄江县）之例，以按民田数额上缴田赋的办法完税。在一些地区的屯田制度被废除后，云南“屯困始苏”。经过这一变革，大批军屯田地化为私田，束缚在军屯土地上的丁壮成为小农，解除了生产力发展的束缚。另据《滇云历年传》卷11：康熙二十四年云贵总督蔡荣报请朝廷批准，将赏赐给吴三桂的原沐氏勋庄作价改为民田，“照民粮起科，”此举废除了明代以来的庄田制度，亦具有进步意义。

由于注重发展农业生产，云南的重要官吏大都积极兴修水利。如平定吴三桂叛乱的次年，巡抚王继文即组织修理滇池上游金汁等河的堤闸。鄂尔泰在《兴修水利疏》中说：“唯地方水利为第一要务，兴废攸系民生，修浚并关国计，故勿论湖海江河，以及沟渠川浍，或因势利导，或尽力开通，大有大利，小有小利，皆未可畏难惜费忽焉不讲者。况云南跬步皆山，田少地多，忧旱喜潦。”鄂尔泰对兴修水利不仅有深切的认识，而且身体力行。雍正八年（1730年），他奏准修六河、海口河水利；以后岁拨银200两，设昆阳州水利州同1员专管滇池下游水利；又制定岁修滇池上游松华坝及盘龙、金汁、银汁、宝象、海源、马料等六河堤闸的制度，岁拨银800两供治水之用。鄂尔泰还组织疏浚嵩明州杨林海和宜良、寻甸诸水，筑浪穹羽河诸堤，并疏通入广西的河道。又如云南总督张允随，议开金沙江水道并疏浚大理洱海，修筑赵州、邓川的石坝，获田1万余亩。留心水利热心促成其事的云南巡抚和布政使，见于记载者还有刘荫枢、刘藻、明德、刘秉恬等人。[15]

清代云南的农业有很大发展，纳粮水平也大幅度提高，这从常平仓岁储粮数可以看出。乾隆十三年（1748年），清廷定各省常平仓岁储粮数额，云南为70万石，贵州50万石；三十一年各省报告存粮数，云南和贵州均为80余万石。值得注意的，是清朝在云南不仅努力发展农业生产，而且治农主要的目的是为了征收农业税，这一点与以前一些朝代有所不同。有关记载如：在鄂尔泰总督云南之初，曲靖知府杨馝提出：“滇富民多隐田，通以丈量，升粮可倍”，建议丈田以增税。粮道张允随则言：云南地少田瘠，“以百姓之穷，莫穷于滇，土地之瘠，莫瘠于滇，徭役之重，莫重于滇。”在张允随的极力反对下，“通丈云南汉夷田地”以增税的议论乃止。雍正七年，赵州知州徐树闳报告说当地发现二泉，可引水成田征收田赋。经朝廷派官吏勘验，回称水弱不足以灌溉，“引水成田升科裕赋之说” 方被驳回。[16]

改土归流是清代的一件大事。清廷进行改土归流的主要目的，是为了清除不利于边疆统治及増加赋税收入的障碍。雍正四年（1726年），云南巡抚鄂尔泰对此言之甚明，其建言改流疏云：“云贵大患，无如苗蛮，欲安民必先制夷，欲制夷必改土归流”；无人敢入土目盘据之地，如东川一带“文武长寓省城，膏腴四百里无人敢垦”；云贵川桂4省相连地带土司势力猖獗，有事诸省相互推诿，治理不易深入；滇南澜沧江内外诸夷“无事近患腹心，有事远通外国，”由元迄明“代为边害”。鄂尔泰认为若改流得法，“必能所向奏效，实云贵边防百世之利。” [17] 另外，鄂尔泰在《改土归流疏》中开宗明义说：“为剪除夷官，清查田土，以増赋税，以靖地方事”。疏中又言：“若不改土归流，将富强横暴者渐次擒拿，懦弱昏庸者渐次改置，纵使田赋兵刑，尽心料理，大端终无就绪”。

在鄂尔泰看来，改土归流与“以増赋税、以靖地方”是紧密相连的。清廷虽规定对土司“额以赋役”，而事实上土司纳赋于国家甚少，而取于土民甚巨。鄂尔泰曾举镇沅土府纳赋的情况为例，言土司搜括的大量所得，“输之仓府者十不及一二，百不及二三”，而少数民族地区毕竟以土司管辖占多数，因此严重地影响了朝廷对农业的税收。鄂尔泰指出改土归流于边地粮饷“亦不无小补”，雍正则批云：“岂云小补”。[18] 这些情况都表明，如何增收西南各省的农业税，是统治者始终关心的一个重要问题。

同时亦应指出，西南各省从农业取得税收的数额虽大幅度增加，但主要仍是用于满足各省的开支；因统治机构庞大和吏治腐败等方面的原因，征集的经费仍经常入不敷出，需从他省调剂，如雍正元年（1723年）皇帝颁诏所说：“今云南岁需协济帑金三十余万，始敷支销，如果督抚实心任事，为国计民生周详筹画，将官吏之侵渔各项尽情搜剔，酌盈剂虚，即滇省己自敷用，奚必远藉他省之助。”[19]

清初，统治者对内地矿藏多有封禁，唯独对云南矿业的开采采取积极扶植的政策，原因是统治者根据云南矿藏资源丰富的特点，把云南作为供应全国铸币用料的生产基地。如铜矿。康熙四十四年（1705年），朝廷钱局兼采滇铜铸钱。雍正元年（1723年），清廷从巡抚杨名时奏议，于云南、临安、大理、沾益4处设宝云钱局，建冶铜炉47座，每炉月制钱4200文，就地铸钱运京，云南所铸铜钱上有“宝云”二字。五年张允随为云南布政使，为解决铸钱所需铜，他整顿旧有铜场并开辟大龙、汤丹等新厂，“岁得铜八九百万斤供用。”八年，有云南另设钱局“铸钱十万千文，俟陕西委员运领赴秦行用”的记载，十二年朝廷又诏云南增建铸钱局，“鼓铸钱文解京。” [20] 乾隆时（1736年～1795年），云南出铜每年达六七百万或八九百万，最多时达一千二三百万，因此《清史稿·食货五》说：“滇省铜政，累叶程功，非他项矿产可比”。

从乾隆五年（1740年）到嘉庆十五年（1810年），云南所产铜每年都在1000万斤以上，乾隆二十八年和二十九年等几个年份，云南产铜高达1400余万斤。乾隆时每年有大量的滇铜运京，时称“京铜”。由于京铜纯度高质量佳，清朝派大臣专司京铜的调运和铜钱的鼓铸，湖南、湖北、浙江、福建、广东等省也争相截留调京的京铜，因云南所产京铜大量供应京城和长江以南数省，当时有“滇铜甲天下”之说。

除了铜矿外，云南大量开采的矿藏还有银、铁、铅等。据《滇云历年传》卷11：康熙四十五年（1706年），清廷批准总督贝和诺的奏议，征云南金银铜铁锡各场税课，以银81482两为率。乾隆二年（1737年），清廷放开铜禁，“谕凡产铜山场，实有裨鼓铸，准报开采，”并诏金银矿仍行封闭。但云南的金银矿仍许开采，当时有三嘉、丽江、昭通银矿“相继开采”。道光初年，云南的南安、石羊、临安、个旧银厂岁课银达58000余两。道光年间，由于购进鸦片白银大量外流，中国出现了“银贵钱贱”的现象，直接推动了冶银业的发展。道光二十四年（1844年），帝诏云南、贵州、四川诸省，除已开采者外，如尚有其他矿愿开采者，“准照现开各厂一律办理。”二十八年，又诏云贵、两广等省督抚广清查矿源，积极开采，至于开矿是官办、民办或商办，“朝廷不为遥制。”

由于清廷对开矿采取积极的态度，“一时矿禁大弛。” [21] 其时云南除重开一部分明代已封闭的银矿外，还新开了茂隆、募乃等大银矿。茂隆银矿位于云南孟定府西南佤族地区，繁荣时有矿工约3万人，年产白银上万两；募乃银矿位于今云南澜沧县北部，相传繁盛时有360座冶银炉日夜冶炼，矿工达10余万人，值得注意的是这两处大银矿均为民营并位于邻近缅甸的边疆地区。

至清末云南全省计有大小银矿18处，由此可见云南冶银业的繁荣。云南富有铅锌矿，据记载民国时期云南省开采的铅锌矿有46处，其中有相当一部分是沿袭清代的矿场而来。清代云南矿藏开采之盛，还可从云南总督张允随的奏疏看出，《张允随奏稿》说：“查滇南田少山多，民鲜恒产，又舟车不通，末利罕有。唯地产五金，不但本省人民多赖开矿谋生，即江西、湖广、川、陕、贵州各省民人，亦俱来滇开采。”

食盐也是云南省生产的大宗。清初，云南的盐政属巡按使统辖，不久改为由巡按督办盐政，专设盐课提举司和盐大使管理盐务。据《滇云历年传》：顺治十七年（1660年），吴三桂移镇云南，同年定云南盐课岁额银14万余两。康熙元年（1662年），吴三桂加云南盐课银10．9余两。三年，吴三桂又定黑井增收税银3000两，遇闰加银250两。二十一年，云南巡抚王继文奏准减黑井岁课银24000两。雍正十年（1732年），云南全省盐课数为正额银为27万余两，正额盈余银为22675两，额外盈余银为25061两。乾隆元年（1736年），清廷改设盐法道统管各省盐政，并颁布了对边远地区应征盐课银实行减免的规定。据记载，嘉庆、道光年间（1796年～1850年）云南开发的盐矿有28处，清代云南盐井最著名者有26处，至清末云南省食盐的年产量达5297万斤，年产100万斤盐的大盐井有黑盐井、白盐井、磨黑盐井、按板盐井、抱母盐井、喇鸡盐井、石膏盐井和云龙盐井。上述盐井中的一些在清代以前已见于记载，至清代产盐量达到了更大的规模。

清代云南所产盐已能充分满足本省的需要，甚至越南、老挝所需的一部分食盐也由云南省供应。食盐的大量生产，为清廷创造了可观的赋税收入，据记载：嘉庆八年（1803年），云南省应征盐课银为372625两；光绪八年（1882年），云南省应征盐课银为372500余两。昭通、东川两地因邻近四川，也食用一部分四川生产的食盐。[22]

清朝重视经营云南，还表现在积极发展交通业和文化事业等方面。清代前半期云南各地交通业的建设，重点是对道路修缮取直以及完善驿站等设施，在一些地区还增辟了便道，进一步形成了遍布各地的驿道网络。为了运输“京铜”，乾隆时期（1736年～1795年），云南巡抚张允随主持开发了金沙江运铜水路。清代后半期云南交通业所取得的重要成就，是1910年建成了由昆明经滇南至越南的滇越铁路。这条铁路是法国殖民者出自经济侵略目的修建的，但客观上极大地便利了云南对外的交通往来。

在文化事业方面，清代积极兴办各级学校，如云南省府州县的学宫，在前代60余所的基础上发展到100余所。云南腹地的文化类型与内地已实现合流，出现了一批有影响的书院；参加科举考试并获得较佳名次的士人不断增多，少数民族聚居地区的文化水平也有明显提高。