（1）题干中描述酸雨对农作物、建筑物及人体的伤害，制定的探究实验以水稻种子，模拟酸雨，显然是探究酸雨对植物的生长的影响．所以问题是：酸雨对植物种子萌发会有影响吗？

（2）将A、B两个玻璃瓶放在30℃环境中培养，每天给A瓶补充适量的“模拟酸雨”（pH≈4），同时给B瓶补充等量的清水（pH=7）．实验中的A瓶与B瓶形成了一组对照实验，作为对照实验要保证变量的唯一性，由于实验探究酸雨对植物的生长的影响．所以唯一变量应为--酸雨，设置另一盆条件完全相同的水稻种子，每天喷洒清水．

（3）由于向花盆A里的水稻种子喷洒“模拟酸雨”，A瓶中的种子不萌发（发芽率低）、B瓶中的种子萌发（发芽率高）．可以发现酸雨对水稻种子萌发有影响．

（4）若种子萌发的外界条件都满足，但是A、B两瓶的种子都不萌发，可能的原因是种子萌发的自身条件不满足（或种子正在休眠、种子的胚死了、胚不完整等）．

（5）为了使我们生存的环境更加美好，我们有好多措施防治酸雨，如对煤进行脱硫处理、减少二氧化硫的排放（或减少煤和石油等燃料中污染物的排放；回收煤和石油等燃料中的污染物；减少机动车尾气的排放等）等．

故答案为：（1）（模拟）酸雨对水稻种子萌发有影响吗？[或（模拟）酸雨对水稻种子发芽（率）有影响吗？]；

（2）对照（模拟）；酸雨（或水的pH、水质）；

（3）A瓶中的种子不萌发（发芽率低）、B瓶中的种子萌发（发芽率高）；（模拟）酸雨对水稻种子萌发有影响（答的合理即给分）；

（4）种子萌发的自身条件不满足（或种子正在休眠、种子的胚死了、胚不完整等）；

（5）减少二氧化硫的排放（或减少煤和石油等燃料中污染物的排放；回收煤和石油等燃料中的污染物；减少机动车尾气的排放等）．