1949年10月，肇源县委、县政府决定建立肇源县第一所初级中学--省立肇源中学。经过半年的筹建（人员配备和校舍建设）工作，确定1950年4月10日为开校日。学校的第一个校址在肇源二中院内，县委书记任国栋兼任校长，教导主任于国安负责学校的日常工作，任羽任工会主席兼语文教员，王谦任数学兼体育教员，白保田任历史和地理教员，刘机锋教物理，王树五管总务。任国栋兼校长赠给一面锦旗作为校训。1950年春招生100人，52年毕业。1956年肇源一中开始招收首届高中生两个班62名学生，改由肇源县领导，逐步成为6年制初、高级中学，1959年由于建立了肇源二中，肇源中学改校名为肇源县第一中学，校址在今三中。文革开始后，黑大等高校学生返校造反，该校高中学生也相应造反，多名教师被揪斗，仅黑帮队就达十人，一名教师自杀，学校停课，学校教学设施被砸烂，1968年肇源一中解体，教师被发配到全县各乡镇。1972年在现肇源县五中处重建肇源一中，但这时只是一所初、高中各二年的四年制的普通中学。1978年县委、县政府决定恢复肇源一中，同时确立肇源一中为重点中学，该年通过全县统考，招收高一、高二两届高中生分别于1979、1980年毕业。1981年开始改为初中高中各三年学制。1986年迁至西门外现今地址，变为三年之纯高中。