根据您的描述，您认为通州二中初中在升学方面表现出色，每年有大约两个班的学生能够进入优质的潞河中学，而且在当年的通州区中考排名中，前几名学生中有五到六个都来自二中。这表明二中的教育质量和升学成功率可能相对较高，因此可以推断，对于追求优秀初中教育的学生和家长来说，通州二中初中可能是更值得考虑的选择。

当然，学校的好坏并非仅仅取决于升学率，还包括师资力量、教学设施、课程设置、校园文化等因素。如果对运河初中有详细的了解，比如其师资队伍的稳定性、教学资源的丰富程度以及对学生个性化发展的支持，这可能也是决定哪个学校更适合的关键因素。因此，如果对运河初中的这些方面也有信心，那么它也有可能是一个优秀的选择。

总的来说，通州二中初中和运河初中各有优势，选择哪个学校应综合考虑多个方面，包括个人或家庭的具体需求以及对教育质量的期望值。建议家长和学生亲自参观考察，以做出最适合自己的决定。