澳门科技大学的中药学硕士学位在中国大陆是被认可的，不过，澳门的中药硕士项目可能在质量上不如大陆的同类项目。澳门地区的中医药教育主要面向海外及港澳台地区的留学生，尤其是中国大陆的学生。因此，澳门的中医药教育可能更注重国际化的教学方式和理念。

我目前就读于南京中医药大学，每年都有来自港澳台、韩国、日本等地区的留学生来我校深造。这些留学生不仅包括澳门的学生，还有其他地区的国际学生。南京中医药大学作为中国顶尖的中医药学府之一，拥有丰富的教学资源和深厚的学术底蕴。相比之下，澳门的中医药教育可能在一些方面存在一定的局限性。

尽管澳门科技大学的中药学硕士学位得到了认可，但对于想要在中国大陆进一步发展的学生来说，选择大陆的中医药学府可能更有优势。大陆的中医药教育体系更为完善，有更多的学术交流和合作机会，能够为学生提供更广阔的发展空间。

此外，澳门的中医药教育更多地面向国际学生，可能在课程设置和教学方法上更偏向国际化。而大陆的中医药教育则更加注重理论与实践相结合，以及中医传统文化的传承与创新。因此，选择澳门或大陆的中医药硕士项目，需要根据个人的职业规划和学习目标来决定。

总的来说，澳门科技大学的中药学硕士学位在中国大陆是可以获得认可的，但考虑到中国大陆中医药教育的全面性和丰富性，选择大陆的中医药学府可能更适合想要在中国大陆发展的学生。