截至2020年4月，三峡医专已设有临床医学院、中医学院、护理学院、药学院（中药研究所）、医学技术学院、公共卫生与管理学院、马克思主义学院、基础医学部及公共基础部（体育工作部），共计九个教学院部。这些院部不仅承担着医学教育任务，还涵盖了护理、检验等多个专业领域。

学校在2019年起与重庆三峡学院合作，开展了“3+2专本贯通分段培养项目”，旨在为学生提供更全面的本科教育。通过这一项目，学生可以在完成三年专科学习后，再继续两年本科教育，最终获得本科学历。

此外，2020年7月，三峡医专与重庆文理学院和长江师范学院分别联合培养制药工程及生物工程专业的学生，实行两年制“专升本”教育。这些合作项目不仅丰富了学校的教育体系，也为学生提供了更多的职业选择和发展机会。

三峡医专的教育目标是培养具备扎实医学知识和实践能力的专业人才，无论是在临床医学、护理、药学还是医学技术领域，学校都致力于为学生提供优质的教育资源和实践机会。

通过这些举措，三峡医专不仅在专科教育上取得了显著成绩，还在本科教育领域进行了积极探索，旨在为社会培养更多高质量的医学专业人才。