郑州大学学科体系完整，涵盖了哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学等12个学科门类，各学科均衡发展。学校校本部设有55个院系，提供118个本科专业。

在2022年，学校按照“33个大类+13个专业+1个人文科学试验班”的模式进行专业建设。其中，化学、材料科学与工程、临床医学三个学科被列为“双一流”建设学科，这是学校在2017年第一轮和2022年第二轮“双一流”建设中均入选的学科。

此外，学校有65个国家级一流本科专业，这些专业是学校经过严格评审和筛选后确定的，旨在提供高质量的本科教育，培养具有创新精神和实践能力的优秀人才。