南方医科大学和南京医科大学都是省部共建的医科大学，从整体实力来看，两者相差不大。在重点学科方面，南方医科大学拥有人体解剖与组织胚胎学、内科学（消化系病）、中西医结合临床三个国家重点学科，以及病理学与病理生理学、外科学（骨外）两个国家重点学科（培育）。而南京医科大学的重点学科包括内科学、劳动卫生与环境卫生学、药理学，国家重点学科（培育）则有病理学与病理生理学一项，相较于南方医科大学少了一个。

尽管两所学校的重点学科有所不同，但从综合评价来看，两者实力相当，具体选择哪所还要根据个人的兴趣和职业规划来决定。南方医科大学在中西医结合临床方面的优势较为明显，对于希望在这一领域深造的学生而言，可能是一个不错的选择。而南京医科大学在内科学、劳动卫生与环境卫生学、药理学方面的优势，则可能更适合那些对这些专业方向有浓厚兴趣的学生。

此外，两所学校在师资力量、科研环境等方面也各有千秋，建议考生在选择时，可以通过了解学校的教学资源、师资力量、科研成果等方面的信息，做出更加符合自己需求的选择。总之，这两所学校都是值得考虑的优质选择，具体选择哪一所，还需要结合个人的具体情况来定。

值得注意的是，两所学校的地理位置、校园文化等非学术因素也会影响学生的选择。南方医科大学位于广东省广州市，南京医科大学位于江苏省南京市，两地的生活成本、气候条件等都会对在校生的生活产生影响。因此，在选择学校时，也需要考虑这些因素。

最后，考生在选择学校时，除了关注学校的综合实力和专业设置外，还应该关注学校的就业情况、校友资源等因素。这两所学校都与多家大型医院和医药企业建立了合作关系，为学生提供了丰富的实习和就业机会。因此，在选择学校时，可以进一步了解这些信息，以便更好地规划自己的未来。