中国民航大学时行业性质的应用型大学，南京航空航天大学为教学科研型大学。

楼主，如果喜欢搞研究个人建议你报考南航，读研读博都可以。

南航比较有实力的专业是飞行器设计，自动化，材料科学，力学，通信工程，民航空管等。

看你的兴趣选择，有很多专业毕业后可以去国防科工委下属的研究所工作。

至于就业率，我想你要是能在南航正常毕业，找工作时从来不成问题的。