如果从分配工作角度说，读航天研究院所的研究生，将来毕业后，只要本人愿意，一般都会留在航天工作；中科院可能面临二次分配，但也不排除留在中科院的工作机会。

如果从学习知识角度说，偏向应用研究的在航天院所读研实践机会更多些；中科院的基础研究和开发研究更有优势。

科学研究的三个阶段：基础研究、开发研究和应用研究，基础研究主要是发现、发明；开发研究是把发现的新技术或新元素如何利用；应用研究则是如何将已经开发的新技术应用到产品或商品中，即实现终端市场。

上述仅为个人建议，供参考吧。