可以入公务员档案。同等学力申硕是能报公务员的，两者并没有冲突。在职人员报考同等学力申硕毕业后可以拿到在职研究生学位证书，但是没有毕业证书，所以考生的学历不会有变化，同等学力申硕毕业后的在职人员可以以本科学历去报考公务员。考上了就可以入公务员档案。