在考研方面，南京农业大学通常被认为比南京林业大学更具挑战性。南京农业大学隶属于国家教育部，是一所21世纪重点工程院校，每年吸引大量考生报考。相比之下，南京林业大学作为新晋的双一流大学，虽然竞争依然激烈，但其难度可能略低于南京农业大学。

南京农业大学在农业科学、植物保护、土壤学等多个专业领域具有深厚的学术积累和研究实力。其科研项目和实验室资源丰富，为学生提供了良好的学习环境和实践机会。此外，南京农业大学的师资力量雄厚，拥有众多知名教授和学者，他们在各自的专业领域具有丰富的教学和研究经验。

南京林业大学在林业科学、木材科学与技术、环境科学等领域也有一定的研究优势。学校注重实践教学，与多家企业和研究机构建立了合作关系，为学生提供了丰富的实习和实践机会。学校的科研设施较为先进，能够支持学生的创新研究和实践能力的培养。

尽管南京农业大学在考研方面更具挑战性，但南京林业大学也有其独特的优势。对于那些对林业科学或环境科学领域感兴趣的学生来说，南京林业大学可能是一个更好的选择。而对于追求农业科学、植物保护等领域的学生，南京农业大学无疑是更理想的选择。

总体而言，南京农业大学和南京林业大学各有特色和优势。考生在选择报考哪所学校时，应根据自己的兴趣、职业规划以及学校的实际情况综合考虑，做出最适合自己的选择。