水域生态系统主要包括湖泊、水库、江河和海洋生态系统等不同类型，而水库实际上是“人工湖泊”，有与湖泊基本相同的特征。对水域的划分，生态学中常依据对水生生物分布、生长等起重要作用的主要生态因子如水温、盐度等为依据(表6-7)。科学地划分水域的类型是开展水域生态系统研究的基础。水域类型不同，生物群落的结构和功能就不同，因而对外界干扰的反应和抵抗力亦不同。例如，同是淡水水域，湖泊和河流这两个类型之间无论是在生物群落的物种组成、系统的功能特征还是抗干扰的能力(如自净能力)等都存在着很大的差别。

流动水域 一般是指 开放性的水域,是和外界有交流的水域 一般的江河湖海都属于 流动水域

静止水域 一般就是和流动水域相反的和外界没有交流的水域 水体状态相对固定