复旦大学的王牌专业有：国际经济与贸易、信息与计算科学、、中国语言文学、外国语言文学、新闻传播学、中国史、世界史、法学、社会学、马克思主义理论、数学、物理学、化学、生物学、统计学、力学、光学工程、电子科学技术、材料科学与工程、理论经济学、政治学、中国史等专业。

复旦大学设有本科专业74个，拥有一级学科博士学位授权点37个，一级学科硕士学位授权点43个，博士专业学位授权点2个，硕士专业学位授权点27个，博士后科研流动站35个。

复旦大学拥有”双一流“建设学科17个，一级学科国家重点学科11个，二级学科国家重点学科19个。国家重点（培育）学科3个，上海市重点学科20个，上海市医学重点学科9个。截至2018年10月，13个学科纳入上海市高峰学科建设。

截至2021年，复旦大学获批的国家级一流本科专业建设点共计41个。