福建医科大学在福州市区与闽侯大学城设有两个校区。

福州市区的医大老区环境优美，主要作为研究生科研基地。这里靠近医科大附属第一医院，福建省内顶尖的三甲医院之一，周边交通便捷，餐饮选择丰富。而闽侯大学城的新校区主要供本科生居住，周边较为偏僻，仅有一路41公交可通往市区，前往火车站需转车。附近饮食娱乐设施俱全，适合静心学习。医科大的许多毕业生都能顺利在省内三甲医院就业，学长学姐们常互相推荐工作。现今，持有研究生学历更易获得好职位，至今未有医科大研究生毕业生找不到工作的报道。