日本地势以山地和丘陵为主，山地和丘陵面积占全国总面积的七成一，森林覆盖率高达六十七%，富士山作为日本最高峰，海拔达三千七百七十六米。

日本气候以温带和亚热带季风气候为特色，夏季炎热多雨，冬季则冰冷干燥，四季分明。日本从北到南横跨纬度达二十五度，南北之间气温差异显著。大部份地区属温带气候，南部的冲绳属于亚热带，而北部的北海道则属亚寒带。

日本是全球降水量较多的地区。降水量多的主要原因包括冬季日本海侧地区的降雪、六月和七月间的连续梅雨（冲绳和奄美地区在五月至六月），以及夏季到秋季登陆或接近日本的台风。