在考虑保送研究生时，南京大学物理系是较为理想的选择。南京大学的物理学科在全国范围内享有较高声誉，其师资力量雄厚，研究项目丰富，学术成果显著。相比之下，华中科技大学物理系虽然也有较强的科研能力，但在整体排名上略逊于南京大学，因此，在学术资源和科研机会方面，南京大学可能更具优势。

南京大学不仅在物理学科上有着深厚的历史积淀，还拥有丰富的学术资源和广泛的国际合作平台。此外，南京大学的综合实力较强，无论是图书馆资源、实验室条件，还是校园文化氛围，都更为优越。而华中科技大学虽然也在不断提升自身水平，但在一些领域如量子物理研究方面，可能还未达到南京大学的高度。

此外，南京大学的地理位置也是一大优势。位于江苏省南京市，周边有丰富的科研资源和文化氛围，便于学生进行学术交流和实践。相比之下，华中科技大学位于湖北省武汉市，虽然交通便利，但周边的学术资源和文化氛围可能不如南京丰富。

综上所述，如果孩子保送研究生，选择南京大学物理系无疑是一个更好的选择。南京大学不仅在物理学科方面有着深厚积淀，其整体综合实力和学术资源也更为丰富。这对于学生的学术发展和未来职业规划都是有利的。