班主任说高三理科女生比不过男生的原因是到了高三，理科的难度加大。但是班主任说的也是不一定的，有一些认真的女生是可以跟男生一样，甚至比男生更好的。到了高三，难度是较大的。但是只要用心学，努力学，碰到不懂的地方，及时请教老师或同学，相信还是可以学好的。