济宁学院无疑是更好的选择，因其为本科院校，且属于公立性质，学费相对较低，学历层次也更高。

相比之下，尽管菏泽学院的专科教育在某些领域可能具有优势，但本科与专科之间存在本质差异。例如，在参与公务员考试或晋升职称等方面，专科毕业生往往处于不利地位。若要通过专升本途径提升学历，还需额外花费一年时间。因此，只要有机会升入本科，应优先考虑本科教育。若在专科教育中难以避免，专升本则成为必须选择，以期提升自身学历层次，增强就业竞争力。