长江师范学院的数学与计算机学院起源于2009年3月，由原学院的数学系和计算机科学系的学科专业进行优化重组而成。这个学院的历史可以追溯到1977年，那时在原涪陵地区师范学校，随着高考恢复，设立了高师班的数学科，同年便开始了数学教育专业全日制专科生的招生。随着教育部批准成立涪陵师范高等专科学校，数学系正式成立，随后的三十多年里，数学系不仅设有"数学教育"、小学教育（数学）等专科专业，还开设了"数学与应用数学"、"统计学"等本科专业。

而计算机科学系的起源则稍早，始于1993年，当时的计算机中心开始招收计算机应用专业的专科生。1997年，计算机应用专业和计算机科学教育专业专科生招生进一步扩大。2002年，学院开始接纳计算机科学与技术专业（包含师范和非师范两个方向）的本科生，到2004年，非师范方向转型为软件方向。这一年，学院还与新加坡创新计算机学院合作，成立了联合办学中心，增设了计算机科学与技术专业（软件双语方向）。