软件工程专业最好的大学有：北京大学、清华大学、浙江大学、国防科技大学、北京航空航天大学、北京邮电大学、哈尔滨工业大学、上海交通大学、南京大学、华中科技大学等。

北京航空航天大学，开设有本科专业78个，拥有一级学科博士学位授权点33个，一级学科硕士学位授权点36个。在教育部第四轮的学科评估中，北京航空航天大学的软件工程学科获得A+评分，是北京航空航天大学的王牌学科。

重庆邮电大学，是工信部与重庆市共建高校，是国家重点布局并设立的4所邮电大学之一。目前，学校开设有本科专业61个，拥有一级学科博士学位授权点2个，一级学科硕士学位授权点19个。其软件工程为重庆市重点学科一级学科，其软件工程专业为国家级特色专业。在教育部第四轮的学科评估中，重庆邮电大学的软件工程学科获得B-评分，是重庆邮电大学的优势学科。