垃圾清运应缴纳的税种为环保税。

垃圾清运服务属于环境保护服务的一种，涉及对固体废物的处理和运输。根据国家环保税相关法律法规，对排放污染物或产生环境噪音的行为，以及对特定行业和活动产生的环境影响都需要征收环保税。因此，垃圾清运服务作为处理固体废物的活动，应当缴纳环保税。此外，垃圾处理还可能涉及增值税等附加税种。如涉及具体的跨境服务交易和营业额达到法定标准的企业还需缴纳企业所得税等。

具体来说，环保税的征收旨在鼓励环境保护行为，促进减少污染排放，提升环境治理效率。而垃圾清运服务的税收则是对该行业的一种经济调节手段，旨在促使企业提高垃圾处理效率和技术水平，推动环境保护事业的发展。同时，合理的税收制度也有助于提升公共资金的积累和使用效率，确保环保工作的持续发展。这不仅涉及到政府的税收政策，还与企业和个人的环保意识提升密不可分。企业应积极配合税务部门的工作，确保合规纳税，共同为建设绿色家园贡献力量。因此除了具体服务类别的专业税种之外还要做到遵守税法的原则维护税法的严肃性确保税收的公正公平公开。