二建资格证书的有效性与注册执业紧密相关。虽然二建资格证书本身是长期有效的，但为了确保证书的有效使用，持证人需要在获得证书后的三年内进行初始注册。如果未能按时注册，但仍然满足继续教育的要求，是可以申请注册的。

值得注意的是，申请注册并非总是顺利。有几种情况下，申请注册可能会被拒绝。比如，申请人在两个或两个以上单位注册时，将被拒绝注册。此外，如果持证人未能完成注册建造师的继续教育，则同样无法注册。更严重的情况是，如果持证人因执业活动而受到刑事处罚，从刑事处罚执行完毕之日起五年内，或因其他原因受到刑事处罚，从处罚决定之日起三年内，或被吊销注册证书，从处罚决定之日起两年内，均不得申请注册。

因此，即便二建资格证书本身是长期有效的，不使用也不会失效，但持证人仍需定期关注和遵守注册执业的相关规定，以确保证书能够顺利用于实际工作。