在工程项目的结算过程中，根据完工进度收款并开具发票时，会计分录为：借记银行存款，贷记主营业务收入以及应交税费-应缴增值税。当支付给对方款项并收到发票时，会计分录为：借记劳务成本，贷记银行存款。

当项目完工并全部款项到账后，需要将相关成本进行结转。具体操作为：借记主营业务成本，贷记劳务成本。这样做的目的是为了准确反映企业的经营成果，确保会计信息的真实性和完整性。

在进行工程项目的财务处理时，重要的是要遵循会计准则，确保每一笔交易都记录准确。完工进度的确认方法通常包括已完成工作量法、已发生成本比例法等，具体采用哪种方法需要根据实际情况来确定。

在实际操作中，企业还需要注意增值税的处理，确保发票的开具和进项税额的抵扣符合税法规定。此外，合理地计提和使用坏账准备金也是保证财务健康的重要环节。

综上所述，确认收入和结转成本的过程需要细致的操作和准确的记录。通过规范的财务处理流程，可以有效提升企业的管理水平，确保财务报表的真实性和可靠性。